完全な回答をする前にまずヒントを書きます。
その次に完全な回答を書きます。
完全な回答を読むか読まないかはあなた次第です。

〓【アリスの写真】〓

▼01 どこかに売っているかも。

▼02 学校3階。不良

▼03 暗号。
ワールドマップの北東の神社にヒントが。

暗号の解き方は、主人公の自宅一階にいる子供がだすクイズのどれかと同じ解き方になっています。

〓【りんこの写真】〓

▼01 学校2階。女子「戦略と戦術の違いって…？」

▼02 北浦上町にヒント。跡取り？

▼03 暗号。
ワールドマップ南の辺りにいる人が暗号を教えてくれます。

★ヒント1
暗号の解き方は、主人公の自宅一階にいる子供がだすクイズのどれかと同じ解き方になっています。

★ヒント2
暗号の解き方 → 並べ替え。

★ヒント3
障害物をすり抜ける。

〓【菜乃の写真】〓

▼01 自宅

▼02 学校1階の女生徒がヒントを。

▼03 暗号。

★ヒント1
菜乃の写真03に関するゲーム中のヒントは(1/4)〜(4/4)の番号がついた暗号です。

★ヒント2
暗号の漢字を平仮名に直してみてください。

★ヒント3
その平仮名をある法則にしたがって変換します。
変換のカギは、(ゲームをしている時)あなたの目の前にあります。

【注】自力で暗号を解きたい方は、以下を読まないで下さい。

〓【アリスの写真】〓

▼01 街のコンビニで買う。

▼02 お使いする。
学校3階。不良「ジュース買ってこい!!」
→ 自動販売機で買う。

▼03 暗号。
ワールドマップの北東の神社にヒントが。(ヒント見ると写真出現。)
「りめねまるはさ、され (一二三)」

ヒントの暗号を一二三 (ヒフミ) の呪文に照らし合わせ、一つ前の文字に置き換える。

【ヒフミの呪文】(自宅の本棚に。)
ヒフミヨイムナヤ コトモチロラネ
シキルユヰツ ワヌソヲタハクメカ
ウオヱニサリヘテ ノマスアセエホレケ

答え : さくらのきたに、にほ(桜の北に二歩)

〓【りんこの写真】〓

▼01 お使いする。
学校2階。女子「戦略と戦術の違いって…？」
→図書室で調べる。

▼02 暗号。
北浦上町にヒント。
跡取りが言うには、
「あほとけんとしあつのひだありあとしたと」
→ あととり
→ 「あ」と「と」を取る。
→ ほけんしつのひだりした
→ 保健室の左下

▼03 暗号。
海、波がらみ (1/2)
菜乃君は、ぴ (2/2)

この暗号は「並び変え」で解くことができます。
(ワールドマップの南のキャラがヒントを教えてくれます。ヒントを聞くと写真が出現します。)

(1)海、波がらみ
→ うみなみがらみ
→ みなみうらがみ
→ 南浦上

(2)菜乃君は、ぴ
→ なのくんはぴ
→ ぴんくのはな
→ ピンクの花

つまり、「南浦上町のピンクの花」を調べると写真があります。(自宅のすぐ上の小さな街です。)
その花のまわりは建物や木などに囲まれていますが、一カ所だけすり抜けられる場所があります。

〓【菜乃の写真】〓

▼01 自宅の1F本棚を調べる。

▼02 学校1階の女生徒がヒントを。
→ 学校のまわりの壁を全部調べる。

▼03 暗号。

(N3は、NANOの写真03の意。1/4…は通し番号。)
(ヒント(2/4)見ると写真出現。)

パソコンのキーボードのキーには、平仮名(カナ入力用)とアルファベット(ローマ字入力用)が書いてあると思います。「もちかに」等の暗号は、キーの平仮名を示しています。その平仮名を同じキーのアルファベットに置き換えていくと答えが出ます。

(上のヒントで「変換のカギが目の前にある」と書いたのは、パソコンのキーボードがカギになると言う事です。)

「も」は「M」に。「ち」は「A」に。つまり、「もち」は「MA」→「ま」になります。

その要領で暗号を変換していくと、下記のようなキーワードが出てきます。

よって答えは、

「街の電話ボックスの裏」となります。
街(北浦上町)の電話ボックスの裏のあたりに写真03があるはずです。

■菜乃の写真03の暗号は、すこし不親切だったかな、と反省しています。もう少しゲーム中にヒントを入れておいてもよかったですね…。

■写真を全て集めても特に何も起こりません。今思うと、なにかイベントを用意しておけばよかったなと思います。